Obama expressou suas condolências aos dois americanos mortos nesses ataques, durante os quais pelo menos 14 outros ficaram feridos.
"Devemos rejeitar qualquer tentativa de estigmatizar os muçulmanos americanos" e elogiar "suas enormes contribuições para o nosso país e nosso modo de vida", disse Obama.
"Estas tentativas são contrárias à nossa natureza, nossos valores e nossa história como nação, construída sobre a ideia de liberdade religiosa", ressaltou o presidente.
"Também são contraproducentes. Fazem o jogo dos terroristas, que querem que nos enfrentamos entre nós. Eles precisam de razões para recrutar mais pessoas para a sua causa de ódio".
Os dois principais candidatos à indicação republicana para a eleição presidencial de novembro, Donald Trump e Ted Cruz, apoiam a ideia de que a polícia patrulhe bairros muçulmanos.
Trump também quer proibir temporariamente a entrada de muçulmanos nos Estados Unidos por medo de que um extremista se esconda entre eles.
Obama reconheceu que o EI "representa uma ameaça para todo o mundo civilizado", mas prometeu que "os terroristas fracassarão".
Ele também cumprimentou a eliminação pelos Estados Unidos do número dois da organização jihadista, Abdel Rahmane al-Qaduli, anunciada na sexta-feira.