"A operação de busca continua dentro do edifício", disse, acrescentando que o confronto provocou a morte de um policial e 11 feridos.
Até agora, nenhum grupo reivindicou o atentado no norte do Afeganistão, o mais recente de uma série de investidas contra instalações indianas no país.
No final de semana, outra investida havia sido executada no país, contra uma base da força aérea no estado de Punjab.
Sete soldados foram mortos no atentado contra a base Pathankot, que desencadeou um confronto armado de 14 horas no sábado e novos disparos no domingo.
Os atentados mortais em instalações indianas ameaçam desorientar a aproximação diplomática entre o primeiro-ministro indiano Narendra Modi e seu arquirrival Paquistão após sua primeira visita oficial ao Afeganistão no mês passado.