O colombiano Fernando Uribe abriu o placar de cabeça aos 17 minutos de jogo, mas Michel Bastos empatou aos 6 da segunda etapa, obrigando o time da casa a fazer mais cinco para se classificar.
Triverio chegou a fazer 2 a 1 aos 15, Uribe anotou o terceiro aos 41, mas não foi suficiente para tirar do tricolor uma vaga que já estava praticamente garantida antes mesmo de entrar em campo.
Nas quartas, o São Paulo enfrentará o vencedor do duelo entre Atlético Mineiro e Racing, que jogam mais tarde nesta quarta-feira, no Independência.
Na altitude de 2.600 metros de Toluca, o time paulista se contentou em administrar a enorme vantagem adquirida no Morumbi, brincou um pouco com fogo, mas acabou garantindo a vaga sem grandes sustos.
O time mexicano já havia mostrado que tinha que ser levado a sério na primeira fase, ao se classificar em primeiro lugar do chamado 'grupo da morte', deixando para trás Grêmio, San Lorenzo e LDU, equipes que já têm títulos da Libertadores no currículo.
- Sufoco -
Com a classificação praticamente nas mãos antes mesmo de entrar em campo, o técnico Edgardo Bauza resolveu poupar Paulo Henrique Ganso, destaque da goleada no Morumbi, que ficou no banco, dando lugar a Wesley.
Em compensação, o São Paulo voltou a contar com o argentino Calleri, artilheiro da Libertadores com oito gols marcados, e com o goleiro Denis, que cumpriram suspensão no primeiro jogo.
A primeira grande chance da partida foi do tricolor, logo aos 2 minutos, com uma cobrança de falta de Wesley que o goleiro Talavera espalmou para escanteio.
O Toluca respondeu logo no minuto seguinte, quando Esquivel soltou uma bomba de fora da área que passou raspando o travessão.
O time mexicano partiu para cima e envolveu o São Paulo na base do toque de bola. O primeiro gol saiu aos 18, quando o Toluca aproveitou um cochilo tricolor numa cobrança de falta rápida. Trejo cruzou na medida para Uribe, que cabeceou firme para as redes.
Na medida que os anfitriões começaram a acreditar numa improvável virada, o jogo foi ficando mais tenso e o técnico José Cardozo foi expulso, aos 27, por reclamar da arbitragem.
O juiz voltou a causar polêmica dois minutos depois, quando deixou de marcar pênalti quando Triverio caiu na área ao trombar com Maicon.
Aos 31, foi a vez de Cuevas aparecer com perigo na área, mas o chute cruzado do atacante peruano foi pela linha de fundo.
- Michel bastos marca e se lesiona -
O São Paulo voltou mais ligado depois do intervalo e deixou tudo igual logo aos 6. Michel Bastos arrancou pela esquerda, invadiu a área fuzilou o goleiro com um chute cruzado de canhota.
Esse gol deixou o tricolor bem mais tranquilo, obrigando o Toluca a fazer mais cinco para se classificar. O único ponto negativo foi que Michel Bastos sentiu a coxa depois da finalização e precisou ser substituído por Centurión.
Bauza fez outra mudança logo em seguida, ao tirar Calleri para a entrada de Alan Kardec.
Mesmo com chances quase nulas de reverter a situação, o Toluca fez questão de lutar até o fim e anotou 2 a 1 aos 15, quando Triverio completou de cabeça um cruzamento de Trejo.
Uribe ainda fez o terceiro, aos 41, em jogada confusa na área do São Paulo, mas já era tarde demais para mudar a história do confronto.
No final da partida, Centúrion protagonizou um episódio lamentável, sendo expulso depois de cuspir em Brambila.