A cidade estava sob poder do EI desde maio de 2015, o que obrigou milhares de pessoas a buscar refúgio em Homs (centro).
"O primeiro grupo de ônibus com residentes de Palmira deve sair no sábado. Os moradores começaram a registrar-se hoje", disse à AFP uma fonte do governo provincial.
A maior parte da população que morava em Palmira antes da cidade ser capturada pelo EI fugiu quando o grupo chegou à região.
As estimativas são de que 70.000 pessoas viviam em Palmira antes da chegada do EI e que 15.000 permaneceram, mas as autoridades desconhecem o paradeiro de várias.
De acordo com o governo, 45% dos bairros foram destruídos.
Esta semana, as autoridades começaram a restabelecer a rede de energia elétrica e a reconstruir as casas, segundo o governador provincial, Talal Barazi.
Antes da guerra civil iniciada em 2011, mais de 150.000 turistas visitavam a cada ano as ruínas de Palmira, que incluíam templos de mais de 2.000 anos de idade.
Durante o período de ocupação, o EI destruiu muitos monumentos, incluindo o templo de Bel.
Os extremistas usaram o antigo anfiteatro como palco para as execuções públicas.