"Quando fizer meu juramento (...) devem saber que eu sou o governo e o inimigo, mas ofereço minha mão em sinal de paz, e podemos conversar", disse em uma entrevista coletiva.
Duterte, que foi aluno de Sison em uma universidade de Manila nos anos 1960, afirmou no domingo que está aberto à possibilidade de libertar presos comunistas e não descartou a hipótese de nomear em seu governo ministros deste partido.
Em sua primeira entrevista coletiva desde que venceu a eleição presidencial de 9 de maio, Duterte afirmou no domingo que o retorno de Sison será fundamental para acabar com uma rebelião que provocou 30.000 mortes desde os anos 1960.
"Claro que é bem-vindo. Estou feliz com a notícia de que volta para casa. Gostaria muito de conversar com ele sobre a resolução do problema da insurgência", disse Duterte à imprensa na cidade de Davao (sul), da qual é prefeito há duas décadas.
Sison, 77 anos, fugiu para a Europa pouco depois do fracasso das negociações de paz em 1987.
O braço armado dos comunistas, o Novo Exército Popular, tem menos de 4.000 milicianos, bem abaixo dos 26.000 dos anos 1980.
Mas a milícia ainda recebe apoio nas zonas rurais. No sábado, o Novo Exército Popular matou três soldados na região central do país.
O atual presidente filipino, Benigno Aquino, retomou as negociações pouco depois de assumir o governo em 2010, mas interrompeu as mesmas em 2013, quando denunciou a falta de vontade dos rebeldes.
Os comunistas desejavam a libertação de vários colegas, que consideram "presos políticos", uma classificação rejeitada pelo governo de Aquino.