O espanhol de 49 anos tinha contrato até 2017, mas não resistiu à eliminação do time na fase de grupos da Liga dos Campeões, e ao desempenho decepcionante no Campeonato Português, no qual ocupa apenas a terceira posição, a quatro pontos do líder Sporting.
A última partida sob seu comando foi na última quarta-feira, um empate em casa com o Rio Ave (1-1).
Ex-goleiro de Barcelona e Real Madrid, Lopetegui começou sua carreira de treinador em 2003, no Rayo Vallecano, e em seguida trabalhou com as categorias de base da seleção espanhola, conquistando os títulos europeus Sub-19 (2012) e Sub-21 (2013).