Os quatro criminosos morreram durante o decorrer do atentado contra um café Starbucks em um bairro do centro da capital, onde se localizam centros comerciais, escritórios de várias agências das Nações Unidas e embaixadas.
Mais de 20 pessoas também ficaram feridas, entre elas um argelino, um holandês, um alemão e um austríaco, assim como seis policiais e um vigia.
"Uma vítima que estava em coma desde o início morreu na noite passada", declarou à AFP um porta-voz da polícia de Jacarta, Muhamad Iqbal.
O falecido é Rais Karna, um indonésio de 37 anos que trabalhava em um banco próximo e que não resistiu aos graves ferimentos de bala na cabeça.
A quarta vítima, Sugito, um indonésio com apenas um nome, estava inicialmente contabilizado entre os criminosos.
As duas outras vítimas são um indonésio e um canadense com dupla nacionalidade argelina.
Após os atentados, os primeiros desta magnitude em quase sete anos neste país do sudeste da Ásia, as autoridades detiveram 12 pessoas em várias regiões do arquipélago.
Um dos detidos é acusado de financiar estes ataques com fundos do EI, indicou a polícia no sábado.
Os investigadores acusam Katibah Nusantara, um grupo vinculado ao EI, de ter organizado os atentados a partir da Síria, onde os jihadistas controlam amplos territórios, assim como no vizinho Iraque.