Segundo a imprensa israelense, esse fato irritou Netanyahu, que o percebeu como um ataque direto contra ele e como um questionamento da primazia do poder político sobre os militares.
Os dois líderes emitiram uma declaração após a reunião, em que afirmavam ter "esclarecido as coisas".
"Está fora de questão, e sempre esteve, que o exército está subordinado às autoridades políticas e que os oficiais são livres para expressar suas opiniões em fóruns pertinentes", afirma o comunicado.
As Forças Armadas têm registrado um protagonismo incomum na tentativa de definir as normas morais que devem enquadrar as respostas a uma onda de violência palestina.
O vice-comandante do Estado-Maior, Yair Golan, causou polêmica em 4 de maio, véspera da comemoração da Shoah, ao equiparar algumas reações observadas na sociedade israelense ao "comportamento repugnante" da sociedade alemã no nazismo.
Netanyahu criticou as declarações, mas Yaalon defendeu Golan.
O chefe de Governo declarou que a polêmica havia terminado, mas Yaalon voltou a reacendê-la no domingo, ao instar em uma assembleia os oficiais a não se deixarem amedrontar pela pressão política e social: "Sigam dizendo o que pensam, mesmo que isso não coincida com a corrente majoritária ou com as ideias de seus comandantes ou da direção política", declarou.