A Nestlé financiava estre programa desde 2012.
"Esta decisão foi tomada pela publicidade negativa relacionada às acusações de corrupção e de doping contra a IAAF", explicou.
"Pensamos que isso poderia ter um impacto negativo em nossa reputação e nossa imagem", completou o porta-voz.
A saída do aporte financeiro da Nestlé é o primeiro duro golpe sofrido pela IAAF, que passa dificuldades desde que foi acusada de esconder casos de doping no atletismo russo.
A IAAF reagiu às acusações suspendendo a Rússia de participar de qualquer competição internacional até nova ordem, uma medida que poderia impedir os atletas russos de disputar os Jogos Olímpicos de Rio de Janeiro, em agosto.
A justiça francesa indiciou diversos dirigentes da IAAF por corrupção, entre eles o ex-presidente Lamine Diack.