O nome dois dois acusados, de famílias ultra-ortodoxas judias, foram mantidos em sigilo uma vez que eram menores de idade no momento do crime.
A mãe de Mohammad Abu Khdeir, Suha, não conseguiu conter as lágrimas e os gritos ao anúncio do veredicto porque um dos acusados não recebeu a pena máxima.
"É da vida de Mohammad que estamos falando. Ele não merecia isso. Não dormimos mais à noite. Como poderemos voltar a ter sono depois disso?", lamentou.
Ela disse recusar os 30.000 shekels (7.600 dólares) que cada um dois acusados foi condenado a pagar à família.
O assassinato contribuiu para a escalada da violência que levou à guerra de Gaza em julho-agosto de 2014, e marcou profundamente a população palestina.
A prisão perpétua é a pena mais pesada que o tribunal poderia impor. Os únicos crimes puníveis com a pena de morte em Israel são crimes de guerra e traição desde a abolição da pena de morte por assassinato em 1954.
O tribunal ainda não se pronunciou sobre a saúde mental de um terceiro acusado, o colono israelense Yosef Haim Ben-David, de 31 anos, que é considerado o cérebro do ataque.
Seus advogados, contudo, asseguram que ele sofre de problemas mentais e que não era responsável por seus atos.
O tribunal sentenciou que ele cometeu o crime, mas ainda deve ser determinado se é mentalmente responsável ou não. Uma audiência está marcada para 11 de fevereiro.
O veredicto pronunciado nesta quinta-feira era particularmente aguardado em meio a uma nova onda de violência entre palestinos e israelenses.
Depois de uma tentativa frustrada no dia anterior contra uma criança, o trio sequestrou Mohammad Abu Khdeir nas primeiras horas de 2 de julho de 2014 em Jerusalém Oriental, parte palestina de Jerusalém ocupada e anexada por Israel.
O adolescente foi espancado, levado de carro a um bosque perto de Jerusalém e molhado com combustível. Ben David, então, ateou fogo enquanto Mohammed Abu Khdeir ainda estava vivo, de acordo com a autópsia.
O trio foi preso alguns dias depois. Ben David havia dito aos investigadores que quis vingar o assassinato, três semanas antes, de três adolescentes israelenses sequestrados na Cisjordânia ocupada.
O assassinato de Mohammad Abu Khdeir provocou violentos protestos. No mesmo momento, multiplicavam-se os lançamentos de foguetes a partir da Faixa de Gaza contra Israel, e os ataques israelenses contra o território governado pelo Hamas, acusado de ser o responsável pelas mortes dos três adolescentes israelenses.
Pouco depois começava a mais devastadora das três guerras em Gaza em seis anos.
No veredicto desta quinta-feira, o tribunal explica a diferença entre as duas penas pelo fato de que o mais jovem dos dois acusados não tinha tomado parte ativa na fase final do assassinato de Mohammad Abu Khdeir.
O tribunal também levou em conta os problemas psicológicos que teria sofrido no passado.