"O tribunal rejeitou todas as acusações contra o ex-presidente Pervez Musharraf e os outros acusados no caso", disse Aftab Sherpao, ex-ministro do Interior que também estava indiciado.
O julgamento aconteceu na cidade de Quetta, sudeste do país.
A absolvição pela morte do líder rebelde baluchi Nawab Akbar Bugti foi confirmada pelos advogados das duas partes.
"É uma injustiça e uma piada", reagiu o advogado da família da vítima, Suhail Rajput, que pretende recorrer da sentença.
Bugti foi assassinado em uma operação militar em 2006 que provocou uma onda de protestos separatistas na província pobre de Baluchistão, que tem muitos recursos naturais.
Musharraf está em prisão domiciliar em Karachi e aguarda outros julgamentos: um processo por traição - pela imposição do estado de emergência em 2007 — e outro caso relacionado com o assassinato da líder da oposição Benazir Bhutto no mesmo ano.