A pequena diferença entre os dois candidatos poderia adiar o anúncio do nome do próximo presidente da Áustria para a segunda-feira.
Ainda deverão ser contabilizados os 900.000 votos por correio, opção escolhida por um recorde de 14% dos eleitores.
O voto por correio, incluído nas primeiras estimativas dos institutos de pesquisa, costuma ser pouco favorável ao FPÖ.
Uma vitória de Hofer, engenheiro aeronáutico de 45 anos, significaria a primeira vez que um representante de um partido de extrema-direita é eleito para estar à frente de um Estado da União Europeia.
No primeiro turno, realizado em 24 de abril, o FPÖ recebeu 35% dos votos, ficando bem na frente do ecologista Van der Bellen, professor universitário de 72 anos, que obteve 21,3% dos votos.
No sistema austríaco, o presidente não participa da gestão do dia a dia do país, mas conta com funções importantes como a de revogar um governo.