Os dois clubes foram punidos por "não terem controlado seus jogadores e membros da equipe técnica", afirmou a federação em um comunicado.
Tottenham e Chelsea foram também "avisados sobre sua conduta no futuro", acrescentou o texto.
O clássico londrino foi particularmente violento, e 12 jogadores foram advertidos com cartão amarelo: 9 do Tottenham, um recorde na Premier League, e 3 do Chelsea.
Entre os jogadores responsáveis por atos violentos, o meio-campo belga do Tottenham, Moussa Dembélé, pôs os dedos nos olhos do atacante brasileiro naturalizado espanhol Diego Costa.
A agressão não foi vista pelo árbitro, mas a federação o suspendeu com seis partidas em 6 de maio.
Durante o jogo, o treinador dos Spurs, Mauricio Pochettino, teve que interferir para separar o seu lateral-esquerdo, Danny Rose, e o meio-campo do Chelsea, Willian.
A confusão continuou após o apito final com incidentes em que se envolveram jogadores e membros da equipe técnica, como o treinador do Chelsea, Guus Hiddink, que foi empurrado e caiu no chão.