Eles chegaram ao local no final de novembro.
Os investigadores descobriram evidências "muito fortes" de que os dois foram enviados pelo grupo Estado Islâmico na Europa, assinala a fonte.
A dupla está atualmente em prisão provisória na Áustria com base em uma investigação de terrorismo.
"Queria chegar à Alemanha, é um belo país, as pessoas são gentis e amo a seleção de futebol alemã. Queria ir para a capital alemã, ou para Frankfurt", declarou o suspeito argelino aos investigadores austríacos.
O suspeito argelino teria entrado no Estado Islâmico em fevereiro de 2015, e o detido paquistanês é descrito como um especialista em explosivos ligado a dois grupos paquistaneses próximos à Al-Qaeda.
As autoridades francesas e austríacas investigam se a dupla teve um papel nos atentados de 13 de novembro na região de Paris, nos quais 130 pessoas morreram.
Os dois homens chegaram à ilha grega de Leros em 3 de outubro, no grupo de 198 refugiados no qual também estavam dois dos extremistas suicidas que se explodiram nos arredores do Stade de France, durante os ataques de 13 de novembro.
Os dois foram interpelados por posse de passaportes sírios falsos e detidos na Grécia, em 28 de outubro. Após saírem da prisão, a dupla foi intimada a sair do país no prazo de 30 dias.
O suposto cérebro dos atentados em Paris, Abdelhamid Abaaoud, morto em uma operação policial em Saint-Denis, esteve na Grécia em setembro.
No celular do argelino, os investigadores encontraram um número de telefone turco, ligado "a membros de uma rede de apoio logístico da organização Estado Islâmico", segundo uma fonte próxima ao caso.
O número de telefone era o mesmo encontrado com um dos radicais suicidas do Stade de France.
Os celulares do argelino e de uma pessoa próxima a Abdelhamid Abaaoud detida em 17 de janeiro de 2015 na Grécia continham o mesmo número de telefone grego.
Em 18 de dezembro, a polícia austríaca deteve, também em Salzburgo, um marroquino de 25 anos e um argelino de 40 anos. Ambos teriam mantido "estreito contato" com os dois suspeitos.