Os homens haviam comprado um barco de sete metros de comprimento, que transportaram por 2.840 quilômetros, de Melbourne ao estado de Queensland, de onde planejavam zarpar com destino à Indonésia, segundo a Polícia Federal australiana.
O procurador-geral George Brandis informou que os cinco foram detidos porque tentaram "sair da Austrália por mar, para viajar até a Indonésia e da Indonésia tentariam chegar à Síria para participar em ações hostis neste país".
"Suspeitamos que buscavam sair da Austrália por barco porque não podiam viajar de avião, já que seus passaportes haviam sido cancelados", disse.
A polícia não revelou quando os cinco homens foram detidos, mas o jornal The Age informa que a operação aconteceu na terça-feira.
O governo está cada vez mais preocupado com a possibilidade de que cidadãos australianos se unam a organizações como o grupo Estado Islâmico no Iraque e na Síria.
As autoridades calculam que 110 australianos deixaram o país para combater ao lado destes grupos. Brandis informou na semana passada que entre 50 e 59 australianos morreram em combates nos dois países.